咖啡含多種化學物，可刺激中樞神經，例如咖啡因，其他刺激性物質還有「單胺氧化酶抑制劑」（Monoamine oxidase inhibitors），包括β-carboline和Harmane。醫學研究顯示咖啡與癌症沒有明顯關係，咖啡亦不會增加患冠心病風險。相反，適量咖啡或可增強心臟和血管功能。
咖啡因對腦神經有刺激作用，適量咖啡或可減少患抑鬱症機率，並降低抑鬱症患者自殺率，但咖啡因刺激腦神經系統，可令焦慮症患者病情加重，必須小心。
隨着長者數目增加，全球認知障礙症個案數目上升，患者腦部功能受影響，記憶力及認知能力呈現衰退現象。最近荷蘭腦神經專家發現，咖啡含多酚和咖啡因，有保護腦部細胞的作用，或可減少腦部「海馬體」（Hippocampus）細胞受損，海馬體掌控記憶功能，非常重要。咖啡又可減少腦部「澱粉樣」斑塊及「神經纖維叢」出現的機率，對認知障礙症患者或有幫助。咖啡亦可能降低患其他腦退化疾病的機率，包括帕金森氏症。
痛風患者血液內的尿酸飆升，引致關節炎，大腳趾最易受影響，咖啡或可減輕病情。
過量咖啡可引致不少健康問題，例如影響腸胃吸收鐵質，較容易患缺鐵性貧血，婦女經血過多，尤其易受影響。咖啡所含的咖啡因亦可誘發偏頭痛，患者應避免咖啡。若有長期飲咖啡的習慣，突然停飲亦會引致不適，包括頭痛等現象。
過量咖啡可引致手震心跳，如本身有「心律不正」（Arrhythmia），例如「早搏」（Ectopics）等現象，大量咖啡會令情況惡化，甚至出現嚴重心律不正現象。
咖啡影響睡眠，若有此情況，應避免晚間飲咖啡。有說咖啡可使胃酸倒流現象加劇，雖然醫學研究未能確證此說，患者仍需留意。
享受咖啡，不宜過量。
梁憲孫
養和醫院副院長
每天喝咖啡降肝病死亡率
過量飲用咖啡不利於健康，但適量飲用不僅可提神醒腦，還有多種健康益處。美國肝病研究會會刊《肝臟病學》雜誌刊登的一項新研究提示，每天喝兩杯咖啡可使肝硬化死亡風險降低66%。
這項“新加坡華人健康研究”長達15年，研究人員跟蹤調查了6.3萬名45~74歲參試者的生活方式及疾病狀況。研究期內，114名參試者因肝硬化死亡。研究結果顯示，每天喝咖啡可以使肝硬化（特別是非病毒性肝炎有關的肝硬化，如脂肪肝）死亡危險比不喝咖啡者低66%；每天至少攝入20克乙醇（酒精）的參試者發生肝硬化的危險最大。不過，喝咖啡不能降低乙肝病毒導致的肝硬化死亡風險。另外，紅茶、綠茶、果汁和汽水等其他飲料對肝病死亡率沒有影響。
早期多項研究發現，咖啡具有驚人的護肝功效。美國肝病專家、哈佛大學醫學院教授桑吉•夫肖普拉表示，與不喝咖啡的人相比，常喝咖啡的人穀丙轉氨酶更低。
咖啡之中「多酚」多 具抑制動脈硬化效果
多酚被認為具有抑制動脈硬化的效果，紅葡萄酒和可可等飲品含有多酚已廣為人知。但據日本茶水女子大學研究生院學者調查，咖啡也含有可與紅葡萄酒匹敵的多酚。據測定，以相當於100毫升飲料的多酚含量為準，紅葡萄酒依濃度不同含量在150至300毫克之間，平均含量為230毫克。咖啡每100毫升含有200毫克多酚，而綠茶每100毫升多酚的含量則在115毫克左右。
該研究生院學者從以9000名為對象的飲料攝取量調查以及其中109人的飲料攝取量的詳細調查中，調查了上述人的多酚攝取量，結果顯示，一天內攝取的多酚有八成來自於飲料，來自食物的為兩成。並且，從飲料攝取的多酚有半數是來自咖啡。研究學者認為，在發達國家中，日本（由動脈硬化引起）的心肌梗死患者是最少的，成為世界最長壽的國家。究其原因，主要在於飲食生活，另一個就是茶，因為茶中富含多酚。
研究學者指出，儘管多酚的必要攝取量尚不明確，若按之前調查的基準（日均1000至1500毫克）為依據，每天則要喝5杯咖啡，或10杯茶，這樣大致可以獲得多酚的必要攝取量。現在已知，當欲鎮靜情緒，或調整心情時，喝咖啡，不僅可令心情放鬆，而且會對身體健康十分有益，即達到身心俱佳的效果。另外，有研究顯示，咖啡有預防癌症和糖尿病的作用。研究學者還認為，此前的研究表明紅葡萄酒及可可、茶所含的多酚具有抗氧化等功效。然而，喝葡萄酒有酒精攝入問題，喝可可有卡路里攝入問題。喝咖啡令人擔心的是，加入牛奶和砂糖的不良影響，因此，最好喝不加牛奶和砂糖的黑咖啡。
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